La flore du vagin est essentiellement constituée de bacilles de Döderlein à partir de la deuxième moitié du cycle menstruel.
Elle peut être modifiée suite à un déséquilibre hormonal, une antibiothérapie ou parfois une infection.
Apparaissent alors sur les frottis les signes évidents d'une inflammation :
De nombreux microorganismes dont la plupart ne causent que des infections limitées sont à reconnaître et à traiter car certains d'entre eux peuvent être à l'origine de stérilité.